Dilahirkan di Purwodadi pada 13 Desember 1932 dari pasangan suami istri Candidus Soewardi Danoewinata dan Caecilia Koepiraoestinah Danoewinata, Pater F.X. Danuwinata menghabiskan masa kecilnya di kota Yogyakarta. Pendidikan dasar ia tempuh di Yogyakarta. Setamat SD, Pater Danu langsung melanjutkan pendidikan ke Seminari Diaspora Yogyakarta selama enam tahun (1946-1952).
elesai pendidikan di Seminari Diaspora, ia mendaftar masuk Serikat Jesus dan diterima. Kemudian ia menjalani formasi sebagai Jesuit mulai 10 Agustus 1952 di Novisiat St. Stanislaus, Girisonta. Dua tahun setelah itu, Frater Danuwinata mengucapkan Kaul Pertama, tepatnya pada 11 Agustus 1954 di Girisonta. Selesai tahap formasi Novisiat, ia diberi tugas menjalani program Juniorat (1954-1955), juga di Girisonta. Formasi Filsafat (1955-1958) ditempuh di Yogyakarta dan setamat pendidikan Filsafat, ia ditugaskan untuk melanjutkan ke Tahap Orientasi Kerasulan. Frater Danuwinata melaksanakan TOK di Yayasan Kanisius Pusat, Semarang sebagai asisten Sekretaris selama tiga tahun (1958-1961). Setelah itu, ia menjalani formasi Teologi di State University of Innsbruck, Austria, selama empat tahun (1961-1965). Fr. Danuwinata ditahbiskan menjadi diakon ketika masih belajar di Innsbruck. Lalu pada 31 Juli 1964, ia ditahbiskan imam oleh Bapak Kardinal Bea di Muenchen, Jerman. Melengkapi tahapan formasinya, di bawah bimbingan Pater Andre Hayen, S.J., Pater Danuwinata melaksanakan Tersiat pada 1 Januari 1966 dan berbekal keyakinan akan Allah, Sang Pengampun, Pater Danuwinata akhirnya mengucapkan Kaul Akhir sebagai Profess Serikat Jesus pada 2 Februari 1970 di Jakarta dan diterima oleh Pater T. Prayitna, S.J.
Pater Danuwinata adalah Provinsial Provinsi Indonesia Serikat Jesus tahun 1989 – 1990.
Pater Danuwinata lama bekerja di rumah formasi Serikat Jesus. Dia juga aktif di lingkungan pendidikan tinggi dan dalam gerakan serta karya sosial.
Riwayat Pelayanan dan Karya Pater F.X. Danuwinata, S.J.
| Ketua Komisi Pendidikan KWI | Semarang | 1968-1972 |
| Pengajar di STF Driyarkara | Jakarta | 1969-2002 |
| Ketua STF Driyarkara | Jakarta | 1974-1980 |
| Rektor Kolese Hermanum | Jakarta | 1976-1980 |
| Ketua Pusat Kajian & Pengembangan Etika Unika Atmajaya, Jakarta | Jakarta | 1977-1980 |
| Rektor Unika Atmajaya Jakarta | Jakarta | 1980-1982 |
| Rektor IKIP Sanata Dharma, | Yogyakarta | 1984-1988 |
| Rektor Kolese St. Ignatius | Yogyakarta | 1987-1989 |
| Ketua Yayasan Sanata Dharma | Yogyakarta | 1988-1990 |
| Provinsial | Semarang | 1989-1990 |
| Ketua Administrasi & Finansial STF Driyarkara | Jakarta | 1995-2000 |
| Sekretaris Eksekutif Pascasarjana STF Driyarkara | Jakarta | 1996-2002 |
| Ketua Yayasan ISJ | Jakarta | 1996-2005 |
| Sahabat Sanggar Anak Akar | Jakarta | 2001-2012 |
| Ketua Yayasan Pendidikan Driyarkara | Jakarta | 2002-2008 |
| Fasilitator Gerakan Sosial | Jakarta | 2001-wafatnya |
Pemakaman
Misa requiem diadakan pada Sabtu, 27 Agustus 2016 di gereja St. Stanislaus Kostka, Girisonta, Ungaran, dan dilanjutkan dengan pemakaman di Taman Makam Maria Ratu Damai, Girisonta