Pater Waijenburg dilahirkan dalam keluarga besar (11 anak) Ia pun memiliki gelar Ilmu Hukum dan Sipil. Pernah menjabat sebagai rektor MC di Canisius College di Nijmegen. Setelah tiba di Indonesia, ia belajar bahasa Indonesia di Girisonta dan kemudian tinggal di Gedangan. Ia mendirikan Kolese loyola dan bekerja di sana selama 4 tahun. Kemudian di Kolese de Britto 1 tahun, dan menjadi Rektor Kolese Kanisius selama 6 tahun.

Ia amat memandang penting bimbingan spiritualitas awa, sejati baik melalui pendidikan formal di sekolah, maupun dalam paroki dan dalam kelompok-kelompok seperti Kongregasi Maria, karangan bermutu, bimbingan pribadi, bimbingan kelompok dalam retret, kelompok pembaharuan karismatik, dan Marriage Encounter.

Riwayat penugasan PATER JOANNES VAN WAIJENBURG, S.J selama di Indonesia:

Bertahun-tahun Pater Waijenburg menderita sakit gula. Ia dipindahkan dari Jakarta ke Semarang dalam rangka mendekati rumah sakit dan dokter yang baik, sehingga fisiknya yang semakin melemah masih dapat ia manfaatkan dalam kerasulan.

Kesibukan sekitar Natal pada tahun 1979, persiapan untuk pertemuan ME, mungkin kekhawatirannya bahwa ia kurang dapat melayani di Paroki Bongsari, karena tidak tahu bahasa Jawa, tidak dapat naik sepeda motor, tidak kuat pergi ke stasi-stasi Boja, Mijen, Limbangan, Kedungpane, serta ada infeksi pada bekas-bekas tempat suntikan insulinnya, membuat kadar gula sangat tinggi pada sore harinya. Hal ini membuatnya harus menyerah dan di rawat di RS. Elisabeth, Semarang.

Walaupun mengkhawatirkan, ia masih optimis untuk menyelesaikan korespondensi Natal. Namun, pada tanggal 9 Januari 1980, ia akhirnya diinfus untuk menurunkan gulanya. Namun rupanya membuatnya semakin sesak nafas. Dengan segala pertolongan yang coba dilakukan, akhirnya ia meninggalkan kita semua pada 10 Januari 1980.