Dilahirkan pada 23 Oktober 1920 di Jali, Yogyakarta, Mgr. Leo Soekoto ialah putra dari (Alm) Bapak Paulus Wongsosentono dan (Alm) Ibu Marta Wongsosentono; menerima sakramen baptis di Wedi (1935) dan penguatan di Bintaran (1936). Ia menempuh pendidkan dasar HIS di Yogyakarta (hingga 1937), seminari menengah Mertoyudan (1937-1943), dan Seminari Tinggi Yogyakarta (1943-1945).
Masuk Novisiat Serikat Jesus pada 7 September 1945 di Girisonta, Ungaran. Dalam kurun waktu tiga bulan ditahan dan dijebloskan ke dalam penjara Magelang dan Muntilan. Ia mengucapkan kaul pertama pada 8 September 1947 di Muntilan.
Studi filsafat ditempuh selama dua tahun (1948-1950) di Kolese St. Ignatius, Yogyakarta. Belajar teologi di Maastricht pada 1950-1954. Tahbisan tonsura dan rendah diterima dari tangan Mgr. Lemmens di Roermond; subdiakon dan diakon diterimanya dari tangan Mgr. Hanssen pada 25 dan 26 Mei 1953 di Maastricht; dan imam diterimanya dari tangan Mgr. Lemmens pada 22 Agustus 1953 di Maastricht. Setelah menerima tahbisan imamnya, ia melanjutkan tahap akhir pembinaannya sebagai Jesuit dalam tersiat sejak 1954 di Munster, Jerman hingga 1955 di bawah bimbingan P Otto Pies, S.J. Kaul akhirnya sebagai profess of four vows diucapkannya di hadapan P H Suasso, S.J pada 2 Februari 1962 di Yogyakarta.
Riwayat Penugasan :
| Mengajar teologi moral dan hukum kanonik di Seminari Tinggai St. Paulus, Kentungan | Yogyakarta | 1959-1966 |
| Rektor Seminari Tinggi St. Paulus, Kentungan | Yogyakarta | 1962-1966 |
| Sekretaris Uskup Agung Jakarta | Jakarta | 1966-1968 |
| Vicarius Generalis Archiepiscopalis Jakarta sekaligus Pastor Kepala Paroki St. Johanes Penginjil, Blok B | Jakarta | 1968-1970 |
| Uskup Agung Jakarta | Jakarta | 1970-1993 |
| Sekretaris Jenderal KWI | Jakarta | 1970-1985 |
| Ketua Komisi Kerasulan Awam KWI | Jakarta | 1985-1990 |
| Menerima penugasan sementara sebagai Administrator Apostolik Keuskupan Bogor hingga uskup Bogor terpilih | Bogor | 1993-wafat |
Wafat di RS St Elizabeth, Semarang. Beliau dimakamkan bersebelahan dengan kakak tercintanya, P A. Soenarja, S.J. yang telah lebih dahulu dipanggil Tuhan.