Dilahirkan pada 26 Oktober 1911 di Amsterdam, Pater Dijkstra adalah putra dari (Alm) Bapak Gerard Djikstra dan (Alm) Ibu Dora Maria Kilsdonk; menerima sakramen baptis di Rusland, Amsterdam (28 Oktober 1911) dan penguatan di Papegaai, Amsterdam. Ia menempuh pendidikan dasar di Amsterdam (1918-1924), pendidikan menengah pertama di Mulo B, Amsterdam (1924-1927), pendidikan menengan atas di STM, Amsterdam (1927-1930), dan Gymnasium A di Amsterdam (1931-1933).
Masuk Novisiat Serikat Jesus pada 7 September 1933 di Mariendaal, Grave, Nederland dan datang di Indonesia pada 13 September 1934. Ia mengucapkan kaul pertamanya pada 8 September 1935 di Girisonta, Ungaran. Tahun juniorat ditempuh selama satu tahun (1935-1936) di Girisonta, Ungaran.
Studi filsafat selama tiga tahun (1936-1939) di Yogyakarta. Tahun orientasi sebagai subpraefectus di Kolese Kanisius, Jakarta. Pater Dijkstra sempat ditahan di kamp Jepang di Muntilan, Salatiga, Bandung, dan kamp Indonesia di Pundung Yogyakarta (1943-1945). Selama dalam tahanan, masih berusaha untuk belajar teologi.
Belajar teologi sesungguhnya dilakukan di Maastricht, Nederland (1946-1948). Menerima tahbisan tonsura dan rendah pada 19 Oktober 1939 oleh P Willekens, S.J; subdiakon dan diakon pada 27 Oktober 1939 dari tangan Mgr. Willekens, S.J di Jakarta; dan imam pada 22 Agustus 1947 dari tangan P A. Verwimp, S.J. di Maastricht, Nederland. Setelah tahbisan imam, Pater Dijkstra masih melanjutkan studi teologi hingga tahun 1948; dan pada tahun yang sama menjalani tahap akhir pembinaannya sebagai Jesuit dalam tersiat di Drongen, Belgia hingga tahun 1949. Kaul akhir sebagai profession four vows diucapkannya di hadapan P U. Thiel, S.J pda 2 Februari 1951 di Bintaran, Yogyakarta.
Hidup dan pekerjaan sejak kaul akhir hingga akhir hayatnya sebagai berikut :
| Pastor Pembantu Paroki Bintaran | Yogyakarta | 1949-1952 |
| Pastor Kepala Paroki Gedangan | Semarang | 1952-1956 |
| Sekretaris Uskup Mgr.Soegijapranata, S.J | Semarang | 1952-1956 |
| Sekretaris bagian Sosial MAWI | 1955-1972 | |
| Secara bergantian menjadi Pastor Kepala dan Pastor Pembantu di Paroki Randusari | Semarang | 1956-1968 |
| Kursus sosial di Loyola Universitas Chichago | 1957 | |
| Mendampingi Mgr. A. Soegijapranta, S.J ketika “ad limina” menghubungi Sri Paus | 1960 | |
| Cuti | Belanda | 1965 |
| Menangani karya kerasulan sosial “Ikatan Petani Pancasila” | Semarang | 1968 |
| Anggota SELA (Komite pengembangan hidup Sosial Ekonomi di Asia) | 1968-1972 | |
| Sekretaris Eksekutif SELA | Manila | 1972 |
| Sekretaris KOPTARI (Konferensi Pemimpin Tarekat Religius Indonesia) tinggal di Kolese Kanisius | Jakarta | 1977 |
| Pembimbing rohani dan tim pembimbing mahasiswa di Seminari Agung Sinaksak | Sumatera Utara | 1988-1991 |
| Pembimbing rohani skolastik | Jakarta | 1991 – 2002 |
| Admonitor untuk Superior Kolese Kanisius | Jakarta | 1995-2002 |
| Pendoa bagi Serikat Jesus dan Gereja | Girisonta | 2002-wafat |
Minggu, 15 September 2002 beliau di bawa ke RS St. Carolus, Jakarta setelah menerima sakramen pengurapan orang sakit di Kolese Kanisius, Jakarta. Selasa, 17 September 2002 kondisi kesehatannya mulai memburuk lalu mendapat perawatan intensif di ruang ICU RS St. Carolus, Jakarta. Setelah beberapa hari kesehatannya mulai membaik, pada tanggal 30 September 2002, beliau berpindah tempat tinggal ke Wisma Emmaus, Girisonta, Ungaran, dengan tugas baru sebagai pendoa bagi Serikat dan Gereja Indonesia.
Karena sakitnya dan usia yang telah lanjut, maka pada Sabtu, 10 Mei 2003, pukul 23.00 beliau dipanggil menghadap Bapa di Surga di RS St. Elisabeth, Semarang.
Pemakaman
Misa Requiem untuk Pater J. Dijkstra, S.J dirayakan di Gereja St. Stanislaus Kostka, Girisonta, Ungaran pada hari Senin, 12 Mei 2003, pukul 10.00, dan dilanjutkan dengan pemakaman di Taman Getsemani, Girisonta, Ungaran.