Dilahirkan di Klaten pada 6 Juni 1947 dari pasangan suami istri Zacharias Warnadihardja dan Maria Magdalena Soekirah, Pater Warnabinarja menghabiskan masa kecilnya di daerah Wedi, Klaten. Pendidikan dasar (1953-1959) ia tempuh di SD Karangturi, Klaten. Pendidikan menengah pertama dan menengah atas ia tempuh di Seminari Menengah St. Petrus Kanisius, Mertoyudan (1960-1966). 

Selesai dengan pendidikan di Seminari Mertoyudan, ia mendaftar masuk Serikat Jesus dan menjalani formasi sebagai Jesuit mulai 7 Desember 1966 di Novisiat Girisonta. Frater Warnabinarja kemudian mengucapkan Kaul Pertama pada 7 Desember 1968. Usai formasi Novisiat, ia melanjutkan formasi Filsafat di STF Driyarkara Jakarta (1969-1970). Tahun Orientasi Kerasulan dijalani di Kolese Loyola, Semarang selama dua tahun sebagai pamong (1971-1973). Setelah itu, ia menjalani formasi Teologi di Fakultas Teologi Wedabhakti (FTW), Yogyakarta (1973-1976) dan ditahbisan diakon 23 September 1976 dan tahbisan imam 8 Desember 1976 oleh Bapak Kardinal Justinus Darmoyuwono di Gereja St. Antonius Padua, Kotabaru.

Pater Warnabinarja mengalami saat-saat paling formatif dalam hidupnya ketika ia menjalani formasi Tersiat di Loyola House of Studies, Manila di bawah bimbingan Pater Thomas O’Gorman, S.J. (1981-1982). Di Culion, sebuah distrik Rehabilitasi Lepra di bilangan Manila, tempat yang mendekatkannya dengan kemiskinan dan tipisnya harapan akan hidup, Pater Warnabinarja merasa bahwa struktur kepribadiannya yang selama ini kaku dan rigoristis terbongkar. Pengalaman formatif itu dimatangkan ketika pada tahun 1985 ia menjalani kursus Sadhana di bawah bimbingan Pater Anthony de Mello, S.J. di Lonavla, India selama 5 bulan. Ia mengaku bahwa pengalaman berahmat itu membuat dirinya menjadi lebih terbuka terhadap inspirasi. Berbekal keyakinan akan Allah, Sang Pengampun, Pater Warnabinarja mengucapkan Kaul Akhirnya sebagai Profess Serikat Jesus, pada 15 Agustus 1986 di Gereja St. Stanislaus Kostka, Girisonta, diterima oleh P Paulus Suradibrata, S.J.

Pater Isidorus Warnabinarja, S.J. dikenal sebagai sosok Jesuit yang aktif mengembangkan formasi sahabat-sahabat awam. Ia memulai keterlibatannya dalam pengkaderan kaum awam sejak tahun 1993, di dalam wadah yang pernah disebut sebagai REKSOMA = Rekoleksi Sosial Masyarakat, kemudian REDAKON = Rekoleksi Dapur Konsientisasi. Wadah-wadah tersebut dipakai untuk menularkan Spiritualitas Ignasian kepada kaum awam, laki-laki maupun perempuan. Pemikirannya tentang pengkaderan kaum awam ini kemudian berkembang menjadi pengembangan spiritualitas awam. Maka, pada 27 Oktober 2004, Pater Warnabinarja memohon izin kepada Pater Provinsial untuk membuat eskperimen pendirian Komunitas Sahabat Yesus (KSY). Komunitas Sahabat Yesus merupakan kelompok-kelompok awam yang berlatih dan berdisiplin menjalankan latihan rohani Santo Ignatius, dengan berdoa 30 menit setiap hari, melakukan triduum setahun sekali, mengadakan pertemuan bulanan dengan komunitas setempat, dan melakukan pemeriksaan batin 15 menit siang dan malam.

Keterlibatan Pater Warnabinarja di dalam pengkaderan kaum awam terkadang membuahkan kritikan berat, misalnya karena ia harus meluangkan waktu cukup banyak untuk itu, sementara ada tugas lain yang juga harus dikerjakannya. Masa-masa sulit yang dialaminya ketika dia menjadi Rektor Seminari Mertoyudan (1997 – 2000) antara lain disebabkan oleh perkara-perkara proporsi waktu untuk kegiatan pengkaderan awam itu.

Harapan yang senantiasa dihidupkan oleh Pater Warnabinarja selama empat belas tahun terakhir di tempat domisilinya di Rumah Retret Sangkalputung, Klaten adalah dikembangkannya sumbangan khas rumah-rumah retret di dalam pengkaderan awam Katolik, terutama bagi mereka yang berkecimpung di bidang politik kemasyarakatan.

Sejak bulan November 2014, Pater Warnabinarja mendapat perawatan dan pengobatan intensif di R.S. Elisabet atas kanker paru-paru yang dideritanya. Di sela-sela sakitnya itu, dia sering berpesan yaitu agar kita semua berusaha supaya semakin berakar kepada Allah semata. 

Riwayat Pelayanan dan Karya Pater Isidorus Warnabinarja, S.J.

Misa Requiem dan Pemakaman

Misa Requiem dilaksanakan pada Jumat, 27 Maret 2015 di Gereja St. Stanislaus Girisonta, Ungaran. Pemakaman dilakukan di Taman Makam Maria Ratu Damai, Girisonta.