Dilahirkan di Yogyakarta pada 6 Mei 1957 dari pasangan suami istri Augustinus Harsana Wirjasudana dan Anastasia Koesilah Wirjasudana, Pater Hari Kustanto menghabiskan masa kecilnya di Yogyakarta. Pendidikan dasar (1963-1969) hingga pendidikan menengah pertama (1969-1972) ia tempuh di SD-SMP Pangudi Luhur, Yogyakarta. Setamat SMP, ia melanjutkan sekolah di Seminari Menengah St. Petrus Kanisius, Mertoyudan (1972-1976). 

Selesai dari Seminari Mertoyudan, ia melamar ke Serikat Jesus dan diterima. Masuk Novisiat Serikat Jesus di Girisonta pada 31 Desember 1976, Frater novis Hari Kustanto kemudian mengucapkan Kaul Pertama pada 1 Januari 1979. Usai formasi novisiat, Frater Hari Kustanto menjalani masa-masa studi yang panjang, yang dijalaninya bukan tanpa kesulitan. Mula-mula ia menjalani formasi Filsafat dengan studi Filsafat di STF Driyarkara Jakarta (1979-1982). Karena Provinsi memandang penting bahwa Jesuit mempelajari kebudayaan Indonesia secara mendalam, Frater Hari Kustanto diutus Pater Provinsial J. Darmaatmadja, S.J. menjalani studi khusus di bidang Antropologi di Universitas Indonesia (1982-1988). Setelah sebentar mengambil waktu interstisi dari proses studi yang panjang, Frater Hari Kustanto menjalani studi lagi, kali ini di bidang yang baru, yaitu Teologi di Fakultas Teologi Wedabhakti (FTW), Yogyakarta (1988-1991). Ia ditahbiskan Diakon oleh Mgr. J. Darmaatmadja, S.J. pada 25 Januari 1991 dan lima bulan kemudian, 29 Juli 1991, ia menerima tahbisan Imam di Yogyakarta, juga dari tangan Mgr. J. Darmaatmadja, S.J.

Rupanya, Pater Hari Kustanto harus melanjutkan perjuangannya sebagai pembelajar. Segera setelah tahbisan imamnya, Pater Hari Kustanto menjalani tugas studi lagi di bidang Antropologi di Yale University, Amerika Serikat. Masa studi yang akhirnya mengantar dia pada gelar Doktor Anthropologi ini dijalani dengan waktu cukup panjang, yakni dari tahun 1991 sampai 1 September 2002. Ketekunannya belajar menguak seluk beluk manusia Indonesia berbuah pada riset disertasi “The politics of ethnic identity among the Sungkung Dayak of West Kalimantan,” yang dikerjakannya dengan penelitian di daerah perbukitan pedalaman Kalimantan, di wilayah perbatasan Indonesia dan Malaysia. Salah satu bagian dari disertasi itu pernah diketik hanya dengan satu tangan, yaitu ketika pada tanggal 3 Maret 2001 dua jari tangannya retak akibat ia terjatuh dari tangga.

Sepulang dari Amerika Serikat tahun 2002, Pater Hari Kustanto bertugas sebagai dosen di STF Driyarkara, Jakarta, mengajar terutama di bidang Sosiologi dan Antropologi Agama, Antropologi Budaya, dan Multikulturalisme. Ia kemudian menyelesaikan formasi sebagai Jesuit dengan tersiat di Novisiat St. Stanislaus Kostka, Girisonta pada tahun 2003 di bawah bimbingan Pater J. Darminta, S.J. Ia pun kembali ke STF Driyarkara untuk mengajar dan Pater Jenderal Pieter Hans Kolvenbach, S.J. mengangkatnya menjadi Rektor Kolese Hermanum mulai 1 Juli 2004. Pater Hari Kustanto mengucapkan Kaul Akhir di Kapel Kolese Kanisius, Jakarta, pada 23 April 2005, diterima oleh Pater Provinsial Agustinus Priyono Marwan, S.J.

Tidak diduga bahwa pada bulan Juli 2007, Pater Hari Kustanto mulai menunjukkan gejala-gejala sakit serius, yang pada waktu itu ditengarai sebagai glioblastoma multiformae, yakni semacam tumor yang berkembang cepat di otak sisi kanan bagian depan atas yang mendesak ke arah bagian kiri otak. Sejak itu, di tengah-tengah tugasnya sebagai dosen, Pater Hari Kustanto keluar masuk rumah sakit untuk menjalani terapi, pengobatan, dan check up, hingga pada hari Minggu Prapaskah II pagi, dia menghadap Tuhan, menyusul adik kandungnya P Antonius Hari Kustono, Pr, yang meninggal empat bulan sebelumnya.

Riwayat Pelayanan dan Karya Pater Joannes Baptista Hari Kustanto, S.J.

Misa Requiem dan Pemakaman

Ekaristi requiem akan diadakan pada Minggu, 1 Maret 2015 di Kolese St. Ignatius, Yogyakarta dan Senin, 2 Maret 2015 di Gereja St. Stanislaus Girisonta. Dilanjutkan dengan pemakaman di Taman Makam Maria Ratu Damai, Girisonta, Bergas, Ungaran.