Dilahirkan pada 24 Juni 1918 di Jali, Pater Soenarja merupakan putra dari (Alm) Bapak Paulus Wongsosentono dan (Alm) Ibu Marta Wongsosentono; menerima sakramen baptis dan penguatan di Muntilan. Ia menempuh pendidikan dasar di Kalasan (1923-1927), Schakelschool di Yogyakarta (1927-1931), HIK di Muntilan (1931-1933), dan Seminari di Yogyakarta (1933-1937).

Masuk Novisiat Serikat Jesus pada 7 Septeber 1937 di Girisonta, Ungaran; dan mengucapkan kaul pertama pada 8 September 1939 di Girisonta, Ungaran. Tahun juniorat ditempuh selama satu tahun 1939-1940 di Girisonta, Ungaran.

Studi filsafat ditempuh selama tiga tahun (1940-1943) di Yogyakarta. Tahun orientasi kerasulan dijalani sebagai pemegang Yayasan Kanisius Yogyakartaa (1943-1945), Guru Juniorat di Girisonta, Ungaran (1945-1946), dan Guru Seminari di Ambarawa dan Muntilan (1946-1948).

Belajar teologi di Maastricht pada 1948-1952. Tahbisan tonsura dan tahbisan rendah diterimanya dari tangan Mgr. Soegijapranata pada 20 Desember 1943 di Yogyakarta; subdiakon dan diakon diterimanya dari tangan Mgr. Lebouille, CM pada 29 dan 30 Mei 1950 di Maastricht; dan imam diterimanya dari tangan Mgr. W. Lemmens pada 22 Agustus 1950 di Maastricht. Setelah menerima tahbisan imamnya, Pater Soenarja melanjutkan studi teologinya hingga 1952; dan pada 1953 menjalani tahap akhir pembinaannya sebagai Jesuit dalam tersiat hingga 1954 di bawah bimbingan Mgr. P. Willekens. Kaul akhir sebagai profess of four vows diucapkannya di hadapan P Th. v.d. Putten pada 2 Februari 1955 di Seminari Mertoyudan.

Riwayat penugasan :